Genomic diversity of British native oaks: species differentiation, hybridisation and triploidy
该研究通过对英国 418 株本土橡树的全基因组测序，揭示了赤栎（*Q. robur*）与无柄栎（*Q. petraea*）的地理分布差异、生态位分化、广泛的杂交与渐渗现象、罕见的三倍体发现以及物种间基因组分化区域，并指出三倍体个体在生长速度上显著优于二倍体。
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evolutionary biology
460 篇论文
Reconstructing 50 million years of Xenopus borealis evolution: three temporal strata of DNA rearrangements and persistent sex chromosome homomorphism
该研究通过整合细胞遗传学与基因组图谱，揭示了非洲爪蟾（Xenopus borealis）在 5000 万年的进化历程中经历了分属三个时期的基因组重排，并证实了其性染色体尽管存在重组抑制区但仍保持同态特征。
Orthologous synteny provides robust structural evidence for the ancestral angiosperm ε-WGD
本研究通过改进银杏基因组注释，利用直系同源共线性及亚基因组系统发育分析提供了确凿的结构证据，证实了被子植物祖先在早侏罗世经历了一次全基因组复制（ε-WGD），从而有力反驳了近期对其存在的质疑并重新确立了该事件作为现存被子植物共有衍征的地位。
Shifts in demography in changing ecological conditions in a dependent-lineage population of harvester ant colonies
该研究发现，在日益加剧的干旱压力下，收获蚁（*Pogonomyrmex barbatus*）依赖谱系种群中稀有谱系 J1 的比例进一步下降，且种群动态的演变速度超过了基于表型特征的适应性选择，表明环境压力正比自然选择更快速地重塑了该种群的动态。
Early life thermal plasticity and adaptive divergence among populations of Arctic charr (Salvelinus alpinus)
该研究通过共同花园实验发现，尽管升温对北极红点鲑的体型、存活率和孵化时间产生负面影响，但不同种群间的热反应规范存在适应性分化，且其应对热胁迫的潜力更多受种群历史（如引入、数量波动和管理措施）而非当前栖息地温度的塑造。
Human settlement drives population divergence of Leishmania guyanensis at the sylvatic-anthropogenic interface
该研究通过对巴西亚马逊地区 77 份利什曼原虫分离株的群体基因组分析，揭示了人类定居和森林砍伐促使美洲利什曼原虫（Leishmania guyanensis）从原始的丛林传播循环中分化出一个适应城市周边环境的独立新种群，从而驱动了该寄生虫在雨林 - 城市交界处的快速进化与传播模式转变。
X-chromosomal diversity may, or may not, reflect climate
该研究通过调整遗传多样性以排除非洲扩张距离的影响，发现 X 染色体多样性与气候的关联在不同数据集间结果不一致，因此目前尚无法确定 X 染色体多样性是否确实受气候影响。
Speciation history shapes patterns of assemblage species richness in birds
该研究通过构建系统发育模型发现，鸟类物种在地理隔离（异域）形成后需历经数百万年才能缓慢积累为同域共存群落，因此现存的同域物种丰富度主要受谱系大小及物种古老程度等历史因素塑造，而非即时的生态过程。
Resolving the Taxonomic Status of the Marbled Toad (Bufonidae: Incilius marmoreus): 2RAD-based Phylogeography Including an Isolated Population in Veracruz, Mexico
本研究通过整合形态学数据与基于 2RAD 的基因组 SNP 分析，证实了分布于墨西哥太平洋沿岸及韦拉克鲁斯州的孤立种群的玛尔斑蟾（*Incilius marmoreus*）属于同一物种，其遗传分化主要源于约 0.86 百万年前和 0.33 百万年前发生的南北及东西向谱系分裂，而非独立的进化谱系。
Stabilizing selection on a polygenic trait from the gene's-eye view.
该研究通过扩散近似和平均场理论，从基因视角揭示了在异质性突变和稳定选择下，尽管性状均值偏离最优值的宏观效应微弱，但会在基因层面产生普遍且强度恒定的选择压力，并成功推导了等位基因频率分布及遗传方差等宏观可观测量的解析解。
Impaired non-shivering thermogenesis in the desert-dwelling antelope ground squirrel
本研究通过构建首个地松鼠基因组并结合冷暴露实验与转录组分析，揭示了沙漠生活的羚羊地松鼠为适应极端高温而丧失了非颤抖性产热能力，转而依赖代谢代价高昂的颤抖性产热这一独特的进化逆转现象。
Selection mode governs the scaling of genetic load, diversity, and adaptation
该研究通过正向时间模拟揭示，选择模式（硬选择与软选择）与生命史特征（如高繁殖力）共同决定了种群规模、遗传多样性、遗传负荷及适应性进化的标度关系，其中软选择通过增强净化效率使负荷趋于饱和而多样性持续增加，从而为“莱文廷悖论”（核苷酸多样性与种群规模弱相关）提供了机制性解释。
Mapping protein neutral networks from predicted secondary structure
该研究通过利用预测的二级结构构建流感血凝素（HA）的操作性基因型 - 表型图谱，揭示了其中性网络具有局部结构化但全局受限的特征，表明蛋白质相较于 RNA 系统具有更有限的长程结构进化潜力。
Remote homology and functional genetics unmask deeply preserved Scm3/HJURP orthologs in metazoans
该研究结合远程同源检测、AlphaFold 结构建模及功能遗传学实验，揭示了 Scm3/HJURP 伴侣蛋白在动物界中广泛保守但序列高度分化的特性，纠正了此前认为其在昆虫、线虫及多种脊椎动物中缺失的错误认知，并证实了果蝇 CAL1 实为 Scm3/HJURP 的高度分化直系同源物。
The B-value calculator: expected diversity under background selection
本文介绍了名为 Bvalcalc 的 Python 命令行工具，该工具通过整合理论模型，能够高效地计算考虑背景选择、重组图谱及多种种群参数后的全基因组单碱基分辨率预期多样性（B 值），并已在人类、果蝇和拟南芥等物种中进行了验证。
NK cell receptor repertoires evolve under increased constraint butare not more diverse in menstruating mammals
该研究通过对 41 种哺乳动物基因组的深入分析发现，尽管月经物种的 KIR 基因家族经历了更强的选择压力，但月经现象的出现并未导致 NK 细胞受体库的多样性增加或发生显著的扩张与收缩，从而否定了此前关于月经进化与受体库扩张相关的主流假说。
Genetic purging of strongly deleterious mutations underlies black-necked crane's unusual escape from an extinction vortex
该研究通过对黑颈鹤的群体基因组分析发现，1980 年代种群急剧瓶颈后的大效应有害突变快速清除（遗传净化）是其意外摆脱灭绝漩涡并迅速恢复的关键机制，但模拟显示若瓶颈持续过久将导致不可逆的负面后果，从而强调了采取积极有效保护措施的紧迫性。
Multivariate Coevolution Shapes Life-History Strategies Across Amniotes
该研究通过整合系统发育路径分析与多变量 Ornstein-Uhlenbeck 模型，揭示了羊膜动物生命史策略的演化是由具有不同演化速率和方向的模块化多变量共进化路径所塑造的，而非简单的成对权衡或单一复合轴。
STOCHASTIC ECO-EVOLUTIONARY DYNAMICS OF MULTIVARIATE TRAITS: A Framework for Modeling Population Processes Illustrated by the Study of Drifting G-Matrices
本文建立了一个基于测度值过程理论的随机生态 - 进化动力学框架，并推导出新的 G 矩阵演化方程，揭示了遗传漂变不仅降低遗传方差，还会通过连锁积累导致遗传相关性极端化并显著改变 G 矩阵取向，从而挑战了传统认知。
Genetic variation in reproductive life-history traits is not correlated with estrogen-receptor positive breast cancer risk
该研究通过多种基因组分析方法发现，雌激素受体阳性乳腺癌风险与年龄初潮、初产年龄及生育数量等生殖生活史性状之间的全基因组遗传相关性极低且无统计学意义，表明尽管个别位点可能存在生活史权衡，但整体遗传变异并未驱动这些性状与乳腺癌风险之间的表型关联。